Изменчивость нуклеотидных последовательностей маркеров двух генов (Co-1 и H3) Litorogammarus karadagiensis (Grintsov, 2009) (Amphipoda, Gammaridae) и систематика рода Litorogammarus
##plugins.themes.ibsscustom.article.main##
Google Scholar
##plugins.themes.ibsscustom.article.details##
Аннотация
Исследована внутри- и межвидовая изменчивость гена субъединицы I цитохромоксидазы c митохондриальной ДНК (Co-1) и гена гистона H3 ядерной ДНК представителей рода Litorogammarus. Показано, что молекулярный маркер гена гистона H3 не подходит для видовой идентификации Litorogammarus ввиду своей недостаточной изменчивости. Таксономия изученных видов рода уточнена на основании анализа молекулярного маркера гена Co-1. Результаты комплексного анализа генетических расстояний (p-расстояний), выполненного с помощью ABGD и ASAP, подтверждают значимость участка гена Co-1 как маркера для идентификации видов рода Litorogammarus. На основе информации для четырёх филогенетических реконструкций и анализа топологии соответствующих генных деревьев для Co-1 выяснена генетическая близость видов L. karadagiensis и L. glareophilus. Для этих двух видов выявлены общие морфологические признаки — перистые щетинки на мандибулах, максиллах первой пары, максиллипедах и члениках гнатопод первой и второй пар. Использование молекулярных и морфологических данных в интегративном подходе представляется перспективным для идентификации видов и для решения таксономических вопросов в пределах анализируемой группы амфипод.
Авторы
Библиографические ссылки
Гринцов В. А. Амфиподы Чёрного моря : иллюстрированный атлас-определитель / ФИЦ «Институт биологии южных морей имени А. О. Ковалевского РАН». Севастополь : ФИЦ ИнБЮМ, 2022. 476 с. [Grintsov V. A. Amphipods of the Black Sea : an illustrated guide atlas / A. O. Kovalevsky Institute of Biology of the Southern Seas of RAS. Sevastopol : IBSS, 2022, 476 p. (in Russ.)]. https://repository.marine-research.ru/handle/299011/12021
Гринцов В. А. Экологические группы, экоморфы и жизненные формы амфипод (Crustacea, Amphipoda) Чёрного и Азовского морей // Экосистемы. 2023. № 33. С. 38–63. [Grintsov V. A. Ecological groups, ecomorphs and life forms of amphipods (Crustacea, Amphipoda) of the Black Sea and the Sea of Azov. Ekosistemy, 2023, no. 33, pp. 38–63. (in Russ.)]. https://elibrary.ru/lwrmaa
Гринцов В. А. Уточнение морфологии и экологии двух видов рода Pectenogammarus Reid, 1940 (Gammaridae, Amphipoda) из Чёрного и Азовского морей (Крым) // Экосистемы. 2024. № 38. С. 124–139. [Grintsov V. A. Clarification of morphology and ecology of two species of the genus Pectenogammarus Reid, 1940 (Gammaridae, Amphipoda) from the Black and Azov seas (Crimea). Ekosistemy, 2024, no. 38, pp. 124–139. (in Russ.)]. https://doi.org/10.29039/2413-1733-2024-38-124-139
Гурьянова Е. Ф. Бокоплавы морей СССР и сопредельных вод (Amphipoda – Gammaridea). Москва ; Ленинград : Изд-во АН СССР, 1951. 1029 с. (Определители по фауне СССР, издаваемые Зоологическим институтом Академии наук ; вып. 41). [Guryanova E. F. Bokoplavy morei SSSR i sopredel’nykh vod (Amphipoda – Gammaridea). Moscow ; Leningrad: Izd-vo AN SSSR, 1951, 1029 p. (Opredeliteli po faune SSSR, izdavaemye Zoologicheskim institutom Akademii nauk ; iss. 41). (in Russ.)]
Astrin J. J., Stüben P. E. Phylogeny in cryptic weevils: Molecules, morphology and new genera of western Palaearctic Cryptorhynchinae (Coleoptera: Curculionidae). Invertebrate Systematics, 2008, vol. 22, no. 5, pp. 503–522. https://doi.org/10.1071/is07057
Colgan D. J., Ponder W. F., Eggler P. E. Gastropod evolutionary rates and phylogenetic relationships assessed using partial 28S rDNA and histone H3 sequences. Zoologica Scripta, 2000, vol. 29, iss. 1, pp. 29–63. https://doi.org/10.1046/j.1463-6409.2000.00021.x
Copilaș-Ciocianu D., Borko Š., Fišer C. The late blooming amphipods: Global change promoted post-Jurassic ecological radiation despite Palaeozoic origin. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2020, vol. 143, art. no. 106664 (12 p.). https://doi.org/10.1016/j.ympev.2019.106664
Copilaș-Ciocianu D., Marin I., Palatov D. Evolution and biogeography of Litorogammarus Marin, Palatov & Copilaș-Ciocianu, 2023 (Amphipoda: Gammaridae) with description of two new Caspian endemic species. Systematics and Biodiversity, 2025, vol. 23, iss. 1, art. no. 2454025 (27 p.). https://doi.org/10.1080/14772000.2025.2454025
Copilaș-Ciocianu D., Palatov D., Rewicz T., Sands A. F., Arbačiauskas K., van Haaren T., Hebert P. D. N., Grabowski M., Marin I. A widespread Ponto-Caspian invader with a mistaken identity: Integrative taxonomy elucidates the confusing taxonomy of Trichogammarus trichiatus (= Echinogammarus) (Crustacea: Amphipoda). Zoological Journal of the Linnean Society, 2023, vol. 198, no. 3, pp. 821–846. https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlad010
Copilaş-Ciocianu D., Rewicz T., Sands A. F., Palatov D., Marin I., Arbačiauskas K., Hebert P. D. N., Grabowski M., Audzijonyte A. A DNA barcode reference library for endemic Ponto-Caspian amphipods. Scientific Reports, 2022, vol. 12, art. no. 11332 (14 p.). https://doi.org/10.1038/s41598-022-15442-w
Copilaș-Ciocianu D., Sidorov D. Taxonomic, ecological and morphological diversity of Ponto-Caspian gammaroidean amphipods: A review. Organisms Diversity & Evolution, 2022, vol. 22, iss. 2, pp. 285–315. https://doi.org/10.1007/s13127-021-00536-6
Grintsov V. A new amphipod species Echinogammarus karadagiensis sp. n. (Amphipoda, Gammaridae) from Crimean coasts (Black Sea, Ukraine). Vestnik zoologii, 2009, vol. 43, no. 2, pp. 23–26. https://elibrary.ru/xkirkl
Kartavtsev Y. P. Sequence diversity at Cyt‐b and Co‐1 mtDNA genes in animal taxa proved Neo-Darwinism. Journal of Phylogenetics and Evolutionary Biology, 2013, vol. 1, iss. 4, art. no. 1000120 (5 p.). https://doi.org/10.4172/2329-9002.1000120
Kartavtsev Y. P., Masalkova N. A. Structure, evolution, and mitochondrial genome analysis of mussel species (Bivalvia, Mytilidae). International Journal of Molecular Sciences, 2024, vol. 25, iss. 13, art. no. 6902 (31 p.). https://doi.org/10.3390/ijms25136902
Kartavtsev Y. Ph. Analysis of sequence diversity at mitochondrial genes on different taxonomic levels. Applicability of DNA based distance data in genetics of speciation and phylogenetics. In: Genetic Diversity / C. L. Mahoney, D. A. Springer (Eds). New York : Nova Science Publishers, 2009a, chap. 1, pp. 1–50.
Kartavtsev Y. Ph. Divergence at Cyt-b and Co-1 mtDNA genes on different taxonomic levels and genetics of speciation in animals. Mitochondrial DNA, 2011a, vol. 22, iss. 3, pp. 55–65. https://doi.org/10.3109/19401736.2011.588215
Kartavtsev Y. Ph. Molecular Evolution and Population Genetics. Vladivostok : Far Eastern State University, 2009b, 280 p. (in Russ.; content, table and figure captions are in Eng.)
Kartavtsev Y. Ph. Sequence divergence at mitochondrial genes in animals: Applicability of DNA data in genetics of speciation and molecular phylogenetics. Marine Genomics, 2011b, vol. 4, iss. 2, pp. 71–81. https://doi.org/10.1016/j.margen.2011.02.002
Kartavtsev Yu. Ph. Some examples of the use of molecular markers for needs of basic biology and modern society. Animals, 2021, vol. 11, iss. 5, art. no. 1473 (24 p.). https://doi.org/10.3390/ani11051473
Lowry J. K., Myers A. A. A phylogeny and classification of the Senticaudata subord. nov. (Crustacea: Amphipoda). Zootaxa, 2013, vol. 3610, no. 1, pp. 1–80. https://doi.org/10.11646/zootaxa.3610.1.1
Marin I., Palatov D. New and non-alien: Echinogammarus mazestiensis sp. n. from the southwestern Caucasus (Amphipoda: Gammaridae). Zoology in the Middle East, 2021, vol. 67, iss. 4, pp. 309–320. https://doi.org/10.1080/09397140.2021.1949139
Marin I., Palatov D., Copilaș-Ciocianu D. The remarkable Ponto-Caspian amphipod diversity of the lower Durso River (SW Caucasus) with the description of Litorogammarus dursi gen. et sp. nov. Zootaxa, 2023, vol. 5297, no. 4, pp. 483–517. https://doi.org/10.11646/zootaxa.5297.4.2
Nei M., Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York : Oxford University Press, 2000, 333 p.
Posada D. jModelTest: Phylogenetic model averaging. Molecular Biology and Evolution, 2008, vol. 25, iss. 7, pp. 1253–1256. https://doi.org/10.1093/molbev/msn083
Puillandre N., Brouillet S., Achaz G. ASAP: Assemble species by automatic partitioning. Molecular Ecology Resources, 2021, vol. 21, iss. 2, pp. 609–620. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13281
Puillandre N., Lambert A., Brouillet S., Achaz G. ABGD, Automatic Barcode Gap Discovery for primary species delimitation. Molecular Ecology, 2012, vol. 21, iss. 8, pp. 1864–1877. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2011.05239.x
Redin A. D., Kartavtsev Y. P. The mitogenome structure of righteye flounders (Pleuronectidae): Molecular phylogeny and systematics of the family in East Asia. Diversity, 2022, vol. 14, iss. 10, art. no. 805 (27 p.). https://doi.org/10.3390/d14100805
Ronquist F., Huelsenbeck J. P. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics, 2003, vol. 19, iss. 12, pp. 1572–1574. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180
Tamura K., Nie M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Molecular Biology and Evolution, 1993, vol. 10, iss. 3, pp. 512–526. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040023
Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11. Molecular Biology and Evolution, 2021, vol. 38, iss. 7, pp. 3022–3027. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120
