Исследование микробных сообществ в подповерхностных слоях донных отложений шельфовой и глубоководной зоны Чёрного моря с использованием OxfordNanoporeсеквенирования

Аннотация

Был проведен анализ бактериальных сообществ, присутствующих в подповерхностных слоях донных осадков глубоководной котловины и шельфовой зоны Чёрного моря. Целью исследования было продемонстрировать, что эти отложения, сформированные в разных условиях придонных вод: восстановительных — из-за наличия сероводорода в глубоководной части моря на глубине 2030 м и окислительных — кислородсодержащих шельфовых морских водах на глубине 49 м, служат средой обитания для различных микробных сообществ. ДНК была извлечена из разных слоев осадков, затем амплифицирована с помощью ПЦР, после чего проведено секвенирование методом OxfordNanopore. Анализ выявил в общей сложности 28 классифицированных бактериальных филотипов, из которых 27 присутствуют в обеих зонах, а 1 специфичен для глубоководной сероводородной зоны осадков. Впервые установлен 391 представитель из 219 семейств. 59 семейств оказались специфичными для шельфовых осадков кислородной зоны, в то время как 50 семейств были обнаружены только в подповерхностных отложениях сероводородной глубоководной зоны. Кроме того, было обнаружено 110 семейств, встречающихся в обеих зонах Чёрного моря. Эти результаты указывают на то, что две зоны Чёрного моря действительно содержат разные микробные сообщества с более разнообразной жизнью на шельфе, и указываютна потенциал будущих исследований по изучению роли этих сообществ в биогеохимических циклах.

Ключевые слова: Чёрное море, керны донных отложений, концентрация ДНК, секвенирование методом OxfordNanopore, микробиомпрокариотов, подповерхностные донные отложения, шельфовая кислородосодержащая зона, сероводородная глубоководная зона